Фамилия Шкяева — редкий случай, который заставляет задуматься о происхождении, прежде чем взяться за словари. С первого взгляда бросается в глаза необычное сочетание «кя» — это нехарактерно для исконно русских основ, где после «к» редко стоит «я» (если только это не заимствование или диалектная черта). Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое пришло из тюркских языков или из языков народов Кавказа.

Вероятнее всего, основа «Шкя» — это искажённое или адаптированное на русской почве слово. Можно предположить связь с тюркским корнем, означающим «быстрый», «резкий» или даже «собака» (ср. в некоторых тюркских диалектах «ит» — собака, но форма «шкя» могла возникнуть при переогласовке). Однако более правдоподобна версия, что в основе лежит личное имя или прозвище Шкя, которое могло быть вариантом имени Шах (персидское «царь», «господин») с добавлением уменьшительного суффикса. В таком случае Шкя — это «маленький Шах», а Шкяев — «сын Шки».

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от основ на мягкий согласный или на -й. Если бы основа заканчивалась на твёрдый согласный, мы бы видели -ов. Здесь же — -ев, что подтверждает: исходное слово оканчивалось на «я» (Шкя) или на мягкий звук. Такая фамилия могла возникнуть в среде, где русские фамилии давали по отцу или прозвищу, но сама основа осталась нерусской — например, у татар, башкир, мордвы или народов Северного Кавказа, которые входили в состав Российской империи и получали фамилии по русскому образцу.

Географически фамилия Шкяева встречается крайне редко, и её можно связать с регионами, где исторически был контакт славян и тюрков: Поволжье, Урал, Предкавказье. Возможно, предок носителя фамилии был человеком с прозвищем Шкя — быстрым, юрким или, напротив, обладающим властным характером (от «шах»). Документальных подтверждений из исторических актов по этой фамилии нет, что неудивительно для столь редкого варианта. Это фамилия-загадка, где основная работа ещё впереди: чтобы точно определить корень, нужно искать диалектные словари и метрические книги конкретного уезда.