Фамилия Шикяева образована от мужской формы Шикяев и относится к распространённому типу русских фамилий на -ев/-ов. Её основа — прозвище или неканоническое имя Шикяй. Чтобы понять его происхождение, нужно посмотреть на слово «шик» в разных говорах.

В русских диалектах «шик» имеет два основных значения. Первое — «щегольство, франтовство, блеск». В этом случае Шикяем могли прозвать щеголя, человека, который любил наряжаться и пускать пыль в глаза. Второе значение — «крик, шум, гам», особенно в вологодских и архангельских говорах. Тогда прозвище получал крикливый, шумный или вздорный человек. Суффикс -яй в прозвищах (ср. Борзяй, Кривляй, Лентяй) часто придавал слову оттенок постоянного свойства или действия: Шикяй — тот, кто постоянно «шикает», то есть либо шумит, либо шикует.

Есть и менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском «шик» означает «сомнение, подозрение». Шикяй могло быть прозвищем недоверчивого или подозрительного человека. Однако для русской фамилии с суффиксом -яй такое происхождение менее типично, хотя полностью исключать его нельзя, особенно если семья имеет корни в Поволжье.

Фамилия Шикяева — редкая. По переписям и справочникам, её носители традиционно проживали в центральных и северных областях России, в частности в Костромской и Вологодской губерниях. Это совпадает с ареалом бытования диалектного слова «шик» в значении «шум». Вероятнее всего, предок современного носителя фамилии был крестьянином или ремесленником из этих мест, получившим прозвище за свой характер или манеру поведения.