Фамилия Шикляева — женская форма мужской фамилии Шикляев. В основе почти наверняка лежит прозвище или нецерковное имя Шикляй. Такие имена с суффиксом -яй (-ай) характерны для северных и центральных русских говоров: они образовывались от глаголов или существительных и часто описывали поведение человека. «Шикляй» могло произойти от диалектного слова «шикать» — шипеть, шипеть на кого-то, командовать, либо от «шиклять» — в некоторых говорах так говорили о том, кто делает что-то небрежно, кое-как. Следовательно, Шикляевым могли назвать либо ворчливого, властного человека, либо нерадивого, неаккуратного работника.

Модель образования фамилии — типичная для русского Севера и Поволжья. Суффикс -ев присоединился к основе на -ай, что характерно для фамилий от прозвищ на -яй (сравните: Кисляев, Гуляев, Ширяев). Вариант с -ев, а не -ов, указывает на мягкую основу: Шикляй → Шикляев. Это косвенно подтверждает, что фамилия бытовала в регионах, где аканье и мягкое произношение были нормой — например, в бывших Новгородских землях или в Вятской губернии.

Других убедительных версий происхождения нет. Гипотеза о связи с тюркским словом «шик» (подозрение, сомнение) или с украинским «шикля» (вид одежды) выглядит натянутой: суффикс -яй для таких заимствований нетипичен, а фамилия встречается преимущественно в русских областях, а не на юге или востоке.

Встречаемость фамилии невысокая. По открытым данным, Шикляевы чаще всего фиксируются в Кировской области и Удмуртии, что совпадает с ареалом бытования фамилий на -яй. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в Глазовском и Слободском уездах Вятской губернии. Сословная принадлежность носителей — в основном государственные крестьяне, реже — мещане.

Фамилия не меняла написания: в документах XIX века она уже фиксируется как Шикляев/Шикляева. Варианты с одной «л» (Шикяев) или с окончанием -ин (Шиклякин) — ошибки переписчиков или результат поздней адаптации, но они единичны и не образуют самостоятельной ветви.