Фамилия Шикняева — яркий пример того, как в русской ономастике тюркское наследие переплелось с восточнославянской моделью образования фамилий. В её основе лежит прозвище или имя Шикняй, которое почти наверняка восходит к тюркскому корню «шик» (или «чык»), означающему «выход», «исход», а в переносном смысле — «изгой», «беглец», «человек, покинувший родные места». В татарском, башкирском, чувашском языках такие имена-прозвища давали детям, родившимся в пути, или переселенцам. Суффикс «-няй» в тюркских языках часто придаёт имени ласкательный или уменьшительный оттенок, так что Шикняй — это, скорее всего, «маленький пришлый» или «сын беглеца».

Морфологически фамилия построена по классическому русскому образцу: к основе Шикня- (от тюркского Шикняй) добавился суффикс -ев-, указывающий на принадлежность («чей?»). Окончание -а — женская форма, то есть Шикняева — это дочь или жена Шикняева. Мужской вариант — Шикняев. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и служилых людей, которые активно контактировали с тюркскими народами в XVI–XVIII веках.

География фамилии указывает на её корни в Поволжье. Наибольшая концентрация носителей Шикняевых и Шикняевых фиксируется в Ульяновской, Самарской областях и в Татарстане. Это зона активного взаимодействия русского, татарского и чувашского населения, где фамилии с тюркской основой и русским окончанием — обычное дело. В некоторых селах, например, бытовали варианты написания через «ы» — Шыкняев, что ближе к тюркскому произношению.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шикин, Шиков, Шигаев) показывает, что Шикняев стоит особняком: в отличие от них, ударение в фамилии падает на второй слог (ШикнЯев), а сама основа не имеет параллелей в славянских корнях. Это дополнительно подтверждает её тюркское происхождение. Социально носители фамилии, скорее всего, были либо крестьянами-обрусевшими татарами или чувашами, либо служилыми людьми из «инородцев», которые получали фамилию по прозвищу отца. Никаких достоверных сведений о дворянском роде Шикняевых нет — это фамилия народной, низовой среды.