Фамилия Шлипченко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели. Суффикс -енко (в безударной позиции часто переходящий в -енко) указывает на происхождение от отца: буквально «маленький Шлипка» или «сын Шлипки». Такая модель была самой распространённой в Поднепровье, на Левобережной и Слободской Украине в XVII–XVIII веках, а затем закрепилась как наследственная фамилия.

Основа фамилии — прозвище Шлипка. Его происхождение неочевидно, и здесь возможны две основные версии. Первая связывает его с диалектным украинским или белорусским словом «шлип» (или «шлык») — так называли высокий остроконечный головной убор, иногда — конусообразную шапку или башлык. В этом случае Шлипкой могли прозвать человека, который носил такую шапку, шил их или торговал ими. Вторая версия, менее вероятная, но заслуживающая упоминания: связь с немецкой фамилией Schlippe (от Schlippe — «петля», «зажим»), которая могла попасть в украинскую среду через переселенцев или ремесленников. Однако для фамилии Шлипченко украинская диалектная основа выглядит убедительнее — модель с суффиксом -енко редко накладывалась на иноязычные корни без адаптации.

Географически фамилия Шлипченко тяготеет к юго-восточным регионам Украины и прилегающим областям России. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии встречаются в Харьковской, Полтавской и Екатеринославской губерниях. Это были преимущественно крестьяне и мещане, что типично для фамилий на -енко: они редко попадали в дворянские родословные книги, зато широко бытовали в казацкой и крестьянской среде.

В отличие от фамилий с прозрачной основой (Кузнеченко, Гончаренко), Шлипченко ставит перед исследователем вопрос о значении прозвища. Если версия с головным убором верна, то прозвище могло быть не только профессиональным, но и ироническим — так могли окрестить человека за манеру носить шапку набекрень или за необычный фасон его одежды. Редкость фамилии делает её особенно интересной для локальной истории: в современных телефонных справочниках и базах данных Шлипченко встречается в десятки раз реже, чем, скажем, Шевченко или Коваленко.