Фамилия Шлипоченко — украинская по модели образования, на что указывает суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был одним из самых распространённых в Поднепровье и Слобожанщине. Такие фамилии означали «сын такого-то» или «потомок такого-то»: Шлипоченко — сын Шлипочка или Шлипока. Основа фамилии — прозвище Шлипок или Шлипочка, которое, скорее всего, связано с ремеслом или бытовым предметом.

Корень «шлип-» в украинских говорах имеет несколько значений. Наиболее вероятное — от слова «шлипа» (или «шлипка»), что в ряде западных и центральных диалектов означало шляпу, шапку или головной убор. Прозвище Шлипок могли дать человеку, который носил характерную шляпу, торговал головными уборами или шил их. Второй вариант — от глагола «шлипати» (шлёпать, ходить вразвалку или издавать шлепающие звуки), но он менее убедителен: прозвища от таких глаголов обычно имеют суффикс -ло (Шлипало), а не -ок.

Важная деталь, которая выделяет эту фамилию среди десятков других на -енко: географическая привязка. Фамилия Шлипоченко встречается почти исключительно в Черниговской и Сумской областях Украины, а также в прилегающих районах России (Брянщина, Курщина). Это регион, где издавна плели и валяли шляпы — из соломы, войлока, лыка. Прозвище Шлипок могло закрепиться за мастером-шляпником или за человеком, который постоянно носил необычную шляпу, выделявшую его среди односельчан.

Слово «шлипа» в украинском языке — не литературное, а диалектное, заимствованное, вероятно, из польского (szlip — шляпа, капюшон) или немецкого (Schlippe — узкая шляпа). Это указывает на то, что носитель прозвища мог быть связан с западными ремесленными традициями или жить на пограничье культур. В сословном отношении Шлипоченко — типичная фамилия казаков или крестьян, поскольку -енко в малороссийских землях носили в основном именно эти группы, а не дворяне.

В написании фамилии возможны варианты: Шлипоченко, Шлипаченко, Шлипченко — в зависимости от местного произношения и того, как записывало прозвище писарь. Но форма через «о» (Шлипоченко) — самая частая и исходная: она сохраняет ударение на втором слоге и чётко указывает на уменьшительную форму Шлипок.