Фамилия Шлипов — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свой первоначальный, неблагозвучный смысл. В её основе лежит глагол «шлипать», который в русских говорах означал «шлёпать», «идти вяло, не поднимая ног», а также «плестись» или «брести». Человек, получивший такое прозвище, вероятно, отличался медлительной, шаркающей походкой или же был неряшливым, небрежным в движениях. Модель образования простейшая: суффикс -ов присоединился к основе прозвища Шлип, что является стандартным способом формирования русских фамилий в XV–XVII веках (буквально «сын Шлипа» или «из семьи Шлипа»).

Корень фамилии не имеет отношения ни к немецкому слову «шлиф» (шлейф), ни к еврейским фамилиям на -ов. Это исконно русское диалектное слово, которое фиксируется в словарях народных говоров, особенно северных и центральных областей России. Ономастические справочники (например, работы В.А. Никонова) подтверждают, что фамилии с корнем «шлип-» встречаются в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях — там, где «шлипать» было обычным бытовым словом.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в крестьянской или посадской среде, где прозвища давали по внешним признакам или поведению, а не по роду занятий. Дворянские фамилии с таким корнем неизвестны. В отличие от распространённых Шиловых или Шишкиных (от «шишка» — видный человек), Шлиповы — носители прозвища, которое не льстило его обладателю, но зато точно описывало его манеру ходить или работать.

Встречаются варианты написания через «а» — Шляпов, но это другой корень («шляпать», «шляпа»). Для Шлиповых характерно именно узкое, «шлёпающее» значение. Сегодня фамилия крайне редка, её носители живут в основном на севере европейской части России и в Сибири, куда переселились выходцы из тех же северных губерний.