Фамилия Шлисерис — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти не встречается в исторических документах и современных справочниках, что сразу наводит на мысль о нестандартном происхождении. Основа фамилии — «Шлисер» — не является ни древнерусским именем, ни распространённым прозвищем. Скорее всего, перед нами фамилия искусственная, семинарская или, что вероятнее, топонимическая, образованная от названия города Шлиссельбург.

Если принять эту версию, модель образования проста: от названия города отсекли «бург» (крепость, город), оставив корень «Шлиссель», который в русском быту часто редуцировался до «Шлисер». Суффикс -ис — редкий для русских фамилий, но встречается в латинизированных или полонизированных формах (сравните с фамилиями типа Конис, Станис). В таком случае фамилия Шлисерис могла означать «выходец из Шлиссельбурга» или «тот, кто связан с этим городом».

Шлиссельбург — крепость на Ладожском озере, известная с XIV века. В XVIII–XIX веках она была местом ссылки и каторги. Фамилию могли получить либо священнослужители, служившие в местных храмах (семинарские фамилии нередко давали по месту службы), либо, что менее приятно, ссыльные, которым приписывали прозвище по месту заключения. Вторая версия — еврейские корни: фамилия могла возникнуть в черте оседлости как указание на город проживания (ср. Шлифер, Шлифман), но суффикс -ис здесь нехарактерен для идиша.

Других правдоподобных гипотез нет. Слово «шлисер» не фиксируется в словарях русских говоров как самостоятельное прозвище или название ремесла. Спекуляции о связи с немецким schließen (закрывать) или литовским šliseris (слесарь) не выдерживают критики: в русских фамилиях такие заимствования оформлялись бы иначе — Шлиссер, Шлиссеров.

География фамилии крайне узкая. В современных базах данных Шлисерис встречается единично, преимущественно в Санкт-Петербурге и Ленинградской области — то есть в регионе, где и находится Шлиссельбург. Это косвенно подтверждает топонимическую версию. Сословная принадлежность носителей не прослеживается: фамилия не была дворянской, купеческой или крестьянской в традиционном понимании. Скорее всего, её носили люди, чьи предки получили её при переписи или при поступлении в духовное училище в XIX веке.