Фамилия Шлунева — женская форма фамилии Шлунев, и её происхождение стоит искать не в очевидном корне, а в возможных искажениях или диалектных особенностях. Основа «шлун-» не встречается в древнерусских именах или прозвищах, что сразу наводит на мысль о заимствовании или переосмыслении. Самый вероятный путь — от немецкого или еврейского корня, например, от слова Schlunz (неряха, разгильдяй) или Schlund (глотка, пасть). В таком случае прозвище Шлунь могло закрепиться за человеком с неопрятной внешностью, громким голосом или даже за обжорой. Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Шлунев, то есть сын или потомок Шлуня.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «шлунить» (шататься без дела, слоняться) — в некоторых южнорусских говорах такое слово фиксировали этнографы. Если это так, то прозвище Шлуня давали ленивому или праздному человеку. Однако эта версия слабее, поскольку глагол редкий и локальный, а фамилия Шлунев встречается в основном на северо-западе России, в частности в Псковской и Новгородской областях, где исторически сильнее было влияние прибалтийских и немецких языков.

География фамилии подсказывает ещё один вариант: в псковских и тверских говорах «шлун» могло означать «глупец» или «простофиля» — возможно, из финно-угорского субстрата (ср. вепсское šlun — «вялый»). Тогда Шлунев — прозвище незлобивое, скорее насмешливое. В любом случае, суффикс -ев, а не -ин, говорит о том, что основа не оканчивалась на -а или -я в чистом виде, а была мягкой или шипящей: Шлунь → Шлунев.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским — фамилия не принадлежит к дворянским родам и не фиксируется в старых боярских списках. Встречаемость её крайне низкая: по современным данным, Шлуневых в России меньше сотни человек, и почти все они живут на северо-западе. Это типичная «гнездовая» фамилия, которая не разошлась широко из-за редкого прозвища и локального бытования.