Фамилия Шлушкаёв — редкий случай, когда написание сразу подсказывает путь к разгадке. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Шлушкаёв. Суффикс -ёв (а не -ев) указывает на то, что в основе фамилии лежит слово, оканчивавшееся на мягкий согласный или шипящий, причём под ударением. Это отличает её от более массовых фамилий на -ов. Если бы писали «Шлушкаев», ударение сместилось бы на корень.

Сама основа «Шлушк-» не встречается в распространённых славянских именах или прозвищах. Скорее всего, это фонетическая адаптация иноязычного слова или прозвища. Наиболее вероятная версия — происхождение от литовского или польского корня. В литовском языке есть слово «šlušti» (глохнуть, становиться глухим) или «šlušnys» (глухой). В белорусских и польских говорах фиксируется слово «szłuszny» в значении «глуховатый», «плохо слышащий». Таким образом, Шлушка — это прозвище глухого или тугоухого человека, записанное на слух русским писцом. Суффикс -к- в прозвище мог иметь уменьшительно-уничижительный оттенок, как в словах «глушка» или «хромка».

Фамилия явно невеликорусского происхождения. Географически она тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: территории современной Беларуси, Смоленщине, Псковщине, а также к Литве. В этих краях при образовании фамилий часто использовался суффикс -ёв/-ев для русификации местных прозвищ. Вероятно, предок носителя фамилии был крестьянином или мещанином, получившим прозвище от односельчан по заметной физической особенности — глухоте.

Вторая, менее правдоподобная версия, связывает фамилию с названием ремесла. В некоторых польских диалектах «szłuszka» могло означать короткую нитку или обрывок ткани, но такое прозвище для ткача или портного маловероятно: для ремесленников обычно использовали названия инструментов или готовых изделий, а не отходов.

Таким образом, фамилия Шлушкаёв — типичный пример «говорящего» прозвища, которое было дано по физическому недостатку и затем закрепилось в качестве родового имени на западных окраинах славянского мира.