Фамилия Шлюганов — редкий случай, когда основа прозвища, скорее всего, не имеет прямого отношения к грубости или брани, хотя на слух воспринимается именно так. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить современные ассоциации и обратиться к диалектам. В говорах русского Севера и Сибири «шлюга» — это не оскорбление, а название природного явления или состояния: мокрый снег с дождём, слякоть, хлябь, а также топкое, вязкое место, болото. Человек мог получить прозвище Шлюган за привычку ходить по грязи, за неопрятность в одежде, либо, напротив, за то, что жил или работал в сырой, болотистой местности. Вполне вероятно, что прозвище закрепилось за тем, кто пас скот на мокрых лугах или перевозил грузы по размокшим дорогам.

Суффикс -ан- в основе (Шлюган) типичен для русских прозвищ, характеризующих человека по действию или качеству: болтун, крикун, гуляка. Формант -ов превратил прозвище в фамилию, отвечая на вопрос «чей сын?» — то есть сын Шлюгана. Модель образования стандартна для русских фамилий, но сама основа редкая и локальная, что делает фамилию Шлюганов географически привязанной к северным и северо-восточным регионам России, где слово «шлюга» было в ходу.

Встречается и альтернативная, более спорная версия, связывающая фамилию с украинским или белорусским «шлюга» — «плут, проныра». Однако в контексте массового бытования фамилии в России (а не на Украине) эта гипотеза выглядит менее убедительной. Диалектное значение «слякоть» даёт более естественное объяснение для прозвища, которое могло быть как нейтрально-бытовым, так и насмешливым.

Таким образом, предки Шлюгановых — это люди, жившие в условиях сурового климата и бездорожья, чьё прозвище отражало либо их профессию, связанную с сыростью и грязью, либо место жительства. Фамилия не принадлежала к дворянским или купеческим родам, а возникла в крестьянской или посадской среде, где меткие уличные прозвища были обычным делом.