Фамилия Шлюкова — женская форма фамилии Шлюков. В её основе лежит слово «шлюк», и здесь сразу возникает вопрос: что оно означало в русских говорах? Вопреки возможным ассоциациям с современной техникой (шлюз, шлюпка), у слова «шлюк» было вполне конкретное бытовое значение. В диалектах, особенно южнорусских и украинских, «шлюком» называли башмак, туфель или вообще любую обувь без голенища, иногда — просто старый, стоптанный сапог. Фамилия, скорее всего, родилась как прозвище сапожника, мастера по починке обуви, или же человека, которого дразнили за его неказистую, «шлюковую» обувь.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от мужского прозвища или имени: Шлюк → Шлюков → Шлюкова. Фамилия довольно редкая, и её география, по доступным данным, тяготеет к центральным и южным областям России, а также к регионам, где исторически были сильны украинские говоры (например, Курская, Воронежская области). Встречается и вариант написания с одной «л» — Шюков, но он ещё реже и может быть результатом описки или местного произношения.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «шлюк» — это звукоподражательное слово для обозначения хлюпающего звука, например, при ходьбе по грязи. В таком случае прозвище могли дать неаккуратному человеку, который ходит «шлюк-шлюк», то есть шлёпает по лужам. Но первая версия — обувная — выглядит убедительнее, потому что прозвища по ремеслу или внешнему признаку в русской ономастике встречаются в разы чаще, чем звукоподражательные.

В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что тоже косвенно говорит о её позднем происхождении — скорее всего, она оформилась уже после отмены крепостного права, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. Искать знаменитых носителей фамилии Шлюкова в истории не приходится: это фамилия простого люда, ремесленников или крестьян, и её ценность именно в этой будничной, ремесленной подоплёке.