Фамилия Шмаер — редкая в русском контексте и почти наверняка не восточнославянская по происхождению. Если отбросить случайные поздние заимствования, у неё есть две основные версии, и обе ведут в еврейскую среду ашкеназов (выходцев из Центральной и Восточной Европы).

Первая и самая прямая версия — от идишского слова «шмаер» (שמער), что означает «смазчик», «мазила» или «жир». В среде ремесленников так могли называть человека, который работал со смазочными материалами: колёсного мастера, смазывавшего оси телег, или кожевника, обрабатывавшего кожи жиром. Фамилии по профессии у евреев стали массово фиксироваться в конце XVIII — начале XIX века, особенно на территориях Австрийской и Российской империй. Человек, получивший прозвище Шмаер (или Шмайер), скорее всего, и был тем самым мастером, чья работа была связана с маслами и жирами.

Вторая версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта. Известны, например, Шмайер (Schmajer) в Польше и несколько мест с похожими корнями в Германии и Чехии. Если предки носителя фамилии переселились оттуда, им могли дать фамилию по месту выхода. В пользу этой версии говорит то, что фамилии на -ер у ашкеназов часто образовывались именно от названий городов и местечек.

Важно отличать Шмаера от похожей, но более массовой фамилии Шмайер (Schmayer). У Шмайера есть ещё и немецкий корень — от «Schmied» (кузнец), но для формы «Шмаер» связь с кузнечным делом менее вероятна. В России и на постсоветском пространстве фамилия Шмаер встречается крайне редко, в основном у потомков еврейских ремесленников из черты оседлости. Суффикс -ер здесь не русский, а немецкий или идишский, указывающий на деятеля. Это не типичная русская фамилия с окончанием -ов или -ин, а прямая транслитерация прозвища или профессионального названия.