Фамилия Шмагуненко — яркий пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, характерный для Поднепровья и Слобожанщины, буквально означает «маленький» или «сын», то есть Шмагуненко — «сын Шмагуна». В основе фамилии лежит прозвище Шмагун, которое и определяет её смысл.

Корень «шмаг-» в украинском языке многозначен. Глагол «шмагати» означает «хлестать», «стегать», «бить прутом». Соответственно, Шмагуном могли прозвать человека резкого, вспыльчивого, любящего покрикивать и раздавать подзатыльники, или же того, кто занимался телесными наказаниями — например, сельского сторожа или экзекутора. Вторая, менее очевидная версия, отсылает к диалектному «шмаг» — «удар», «звук удара». В таком случае прозвище могли дать за характерную походку или манеру говорить — отрывисто и резко.

Географически фамилия Шмагуненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Сумской. Это зона активного бытования фамилий на -енко, где они вытеснили более древние бессуффиксные формы. Встречаются и однокоренные варианты: Шмагун, Шмагунь, Шмагунюк, которые фиксируются в тех же регионах. Сравнение с ними показывает, что Шмагуненко — не самостоятельное прозвище, а именно вторичная фамилия, указывающая на родство с конкретным Шмагуном.

В российских документах фамилию могли записывать с искажениями: Шмагуненков, Шмагоненко. Это связано с тем, что писцы, привыкшие к русским фамилиям на -ов, иногда добавляли этот суффикс к украинской основе, хотя в самой Украине форма Шмагуненко оставалась неизменной. Сословная принадлежность первых носителей, скорее всего, была крестьянской или казацкой — дворянские роды с такой фамилией не известны.

Словообразовательная модель Шмагуненко — одна из самых продуктивных в украинской ономастике. Она говорит о том, что предок носителя фамилии был человеком заметным, пусть и не в самом лестном смысле: его характер или занятия дали повод для прозвища, которое затем закрепилось за потомками.