Фамилия Шмагунов образована от прозвища Шмагун. Скорее всего, в его основе лежит диалектное слово «шмак», которое означает «вкус». Соответственно, Шмагуном могли ласково называть ребенка. Поэтому прозвище приобретало значение «вкусный, сладкий, милый». Слово «шмак» также означало «воронка с желобом, для отливки орудий». В этом случае такое прозвище получал рабочий завода. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шмагун, со временем получил фамилию Шмагунов.