Фамилия Шмакотин — типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища. В её основе лежит слово «шмакот» или «шмакотень», которое в диалектах русского языка означало нечто мелкое, жидкое, неосновательное, а также могло относиться к хитрому, изворотливому человеку. В словаре Владимира Даля «шмакоть» — это «мокреть, слякоть, жидкая грязь», а в переносном смысле — «вялый, нерешительный, хилый человек». Таким образом, прозвище Шмакот могли дать либо неряшливому, неопрятному человеку, либо, что вероятнее, тому, кого считали слабохарактерным или несерьёзным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шмакотин буквально означает «сын или потомок Шмакота». Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, наряду с суффиксом -ов/-ев. Важно, что фамилия не имеет отношения к малороссийскому или польскому «шматок» (кусок, ломоть) — в таком случае форма была бы Шматков или Шматоков. «Шмакотин» — чисто великорусское образование, и его ареал, скорее всего, привязан к северным и центральным губерниям, где диалектное слово «шмакоть» было в ходу.

Встречается вариант написания с одной «т» — Шмакотин, но это редкое искажение, не меняющее этимологии. Фамилия не принадлежала дворянским родам, не фиксируется в «Бархатной книге» или других родословных списках. Её носители — выходцы из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давались по внешним признакам или чертам характера. В советское время фамилия не получила широкой известности, но сохранилась в нескольких регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где диалектная лексика удерживалась дольше.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шмаков, Шматов — показывает, что все они восходят к разным основам: Шмаков, например, к слову «шмак» (также «грязь» или «плохой человек»), а Шматов — к «шмат» (кусок). Шмакотин стоит особняком, сохраняя редкий суффикс -от, который в русских прозвищах встречается нечасто и придаёт слову оттенок уничижительности или уменьшительности.