Фамилия Шмакин — одна из тех, где прозвище-основа почти полностью вытеснила исходное имя. Она образована по простой и распространённой модели: к основе «Шмак» добавили суффикс принадлежности -ин, который отвечает на вопрос «чей?». Шмакин — значит «сын или потомок Шмака». В русских фамилиях суффикс -ин обычно крепился к основам на -а/-я, но здесь мы видим редкий случай, когда основа мужского рода с твёрдым согласным получила не -ов, а -ин. Такое бывало в северных и сибирских говорах, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем в центральной России.

Само прозвище Шмак в старину не было редкостью. В словарях и документах XVI–XVII веков оно упоминается в двух значениях. Первое — диалектное, из псковских и тверских говоров: «шмак» — это шмель, или вообще любое крупное жалящее насекомое. Прозвище могли дать человеку с гудящим голосом, ворчливому или, наоборот, трудолюбивому, как пчела. Второе значение — более широкое: «шмак» означало неудачника, простака или человека, которого легко обмануть. В этом смысле слово родственно украинскому «шмак» (вкус, смак) и польскому «smak» — но с отрицательным оттенком: «не имеющий вкуса», «без толку». Ономасты обычно склоняются к первой версии — от насекомого, так как прозвища по животным и насекомым были массовыми и нейтральными, а оскорбительные клички реже становились основой фамилий.

Географически фамилия Шмакин гуще всего встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — то есть на Русском Севере и в Вятке. Это косвенно подтверждает версию о северном происхождении суффикса -ин. В этих краях фамилии на -ин от основ на согласный — не редкость: ср. Морозин, Козин, Соколин. В центральных губерниях тот же корень чаще давал бы фамилию Шмаков.

Есть и редкая, почти забытая версия: в некоторых говорах «шмак» называли небольшой рыбацкий чёлн или лодку-долблёнку. Тогда Шмакин — потомок лодочника или перевозчика. Но эта гипотеза держится на единичных диалектных записях XIX века и уступает по убедительности «насекомой» версии.

В итоге: фамилия Шмакин — типичная севернорусская «прозвищная» фамилия, где предок, скорее всего, получил кличку по шмелю или осётрому насекомому. Носители фамилии — не обязательно потомки одного человека: в разных деревнях Шмакины могли появиться независимо друг от друга, просто потому что прозвище было ходовым.