Фамилия Шмаркун — редкий случай, когда прозвище застыло в форме, почти не тронутой типовыми фамильными суффиксами. В ней нет привычных -ов, -ин или -ский. Суффикс -ун сразу выдает южнорусское или украинско-белорусское происхождение: в этих говорах так активно образовывали названия людей по действию (крикун, бегун, ворчун). Шмаркун, скорее всего, от глагола «шмаркать» — сморкаться, шмыгать носом. В диалектах слово «шмарка» означало соплю, а «шмаркун» — человека, который постоянно шмыгает, неопрятного или простуженного.

Версия с украинским корнем тоже правдоподобна: «шмаркати» — то же самое, плюс «шмаркля» — сопляк, молокосос. Прозвище могло быть не обидным, а бытовым, по заметной привычке. В польском языке есть «szmarkać» с тем же значением, так что фамилия могла возникнуть на землях Речи Посполитой и прийти на восток вместе с переселенцами.

Менее вероятна, но возможна связь с немецким «Schmarch» (храп) или «Schmarke» (пометка, клеймо) — через еврейские фамилии, но фонетика здесь расходится: русское «шмарк-» устойчиво лежит в основе.

Географически фамилия тяготеет к западным областям — Брянщина, Смоленщина, Черниговщина, Гомельщина. В дореволюционных переписях Шмаркуны встречались среди крестьян и мещан, ремесленников. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: прозвище слишком «низовое», от телесной детали, чтобы стать аристократическим.

Родственные фамилии — Шмарков, Шмаркин, Шмарковский — образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Шмаркун стоит особняком: он сохранил исходную прозвищную форму, не «причесанную» под стандарт. Это редкая черта — большинство старых русских прозвищ русифицировали в XIX веке, добавляя суффиксы принадлежности. Шмаркун прошел этот процесс только частично или вовсе его избежал, оставшись живым напоминанием о том, как в деревне могли окликнуть человека по привычке, а не по должности.