Фамилия Шморкун — яркий образец южнорусской и украинской модели фамилий, образованных от прозвища с помощью суффикса -ун. Такие прозвища обычно давали за характерную привычку, действие или манеру поведения. В данном случае основа — глагол «шморкать», который в диалектах означает «шмыгать носом», «сопеть» или «сморкаться». Соответственно, Шморкун — это «тот, кто шморкает», то есть человек, который часто шмыгает носом, сопит или сморкается. Прозвище могло закрепиться за носителем в детстве или как ироничная характеристика взрослого.

Словообразовательная модель проста: корень «шморк-» + суффикс деятеля «-ун». Суффикс «-ун» в восточнославянских фамилиях встречается реже, чем «-ов» или «-ин», и часто указывает на прозвище, а не на отчество. Аналогичные примеры — фамилии Брехун, Ворчун, Скакун. В русском языке «шморкать» — слово диалектное, зафиксированное в южных говорах (курских, орловских, воронежских) и в украинском языке, где «шморгати» означает «шмыгать». Поэтому географически фамилия Шморкун тяготеет к югу России и востоку Украины.

Встречаются варианты написания — Шморкун, реже Шмаркун, что связано с аканьем (произношение «о» как «а» в безударном положении). Однако исторически первичным считается корень с «о», так как он прослеживается в древнерусских памятниках и диалектных словарях. Фамилия не относится к дворянским или княжеским — она возникла в крестьянской или казацкой среде, где прозвища были простыми и бытовыми.

Носители фамилии Шморкун встречаются в основном в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях России, а также в Харьковской и Сумской областях Украины. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах слободских и малороссийских губерний. Сейчас это редкая фамилия, но её этимология прозрачна и не требует сложных реконструкций: предок был человеком, которого окружающие запомнили по привычке шмыгать носом.