Фамилия Шмыгерина — женская форма фамилии Шмыгерин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель образования здесь редкая и показательная: суффикс -ин указывает на принадлежность, но в основе лежит не имя, не ремесло, а, скорее всего, прозвище с яркой звукоподражательной окраской.

Основа «шмыг-» в русских говорах имеет несколько значений. Первое и самое очевидное — глагол «шмыгать», то есть быстро двигаться, скользить, проскальзывать. Второе — диалектное слово «шмыга»: так в некоторых областях называли пронырливого, юркого человека, который везде успевает и умеет незаметно исчезнуть. Третье, менее распространённое — «шмыгать» в значении «тереть, натирать» (например, шмыгать носом), но для фамилии это значение маловероятно. Самая правдоподобная версия: прозвище Шмыга получил человек подвижный, быстрый, возможно, изворотливый.

Фамилия Шмыгерин могла образоваться двумя путями. Либо напрямую от прозвища Шмыга с помощью суффикса -ерин (редкий вариант, встречающийся в северных и центральных губерниях), либо от формы Шмыгерь — с суффиксом -ерь, который в русских фамилиях часто обозначал деятеля (сравните: шмыгать — шмыгерь, как мазать — мазгерь). В таком случае Шмыгерин — «сын Шмыгеря», то есть потомок человека, который постоянно куда-то шмыгал.

С географией сложно: фамилия Шмыгерин не входит в сотни самых распространённых, но встречается в разных регионах, что говорит о её древнем, а не локальном происхождении. Поскольку она не дворянская и не купеческая, предки Шмыгериных — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие прозвище за характерную черту поведения. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались в основном в центральных и южных губерниях России, но без специального исследования по конкретной ветви точнее сказать нельзя.

Если сравнивать с однокоренными — Шмыгин, Шмыгов, Шмыгальский, — то Шмыгерин выделяется именно суффиксом -ерин, который делает фамилию более редкой и, возможно, указывает на более позднюю фиксацию в письменных источниках. В любом случае, фамилия Шмыгерина — это память о живом, подвижном предке, чья прозвищная кличка закрепилась в роду.