Фамилия Шнитников, предположительно, образована от аналогичного прозвища, восходящего к топониму Шнитники. Так называется населенный пункт в Виленской области. Так могли назвать выходца из Шнитников. Возможно также, что фамилия Шнитников происходит от прозвища Шнитник. Оно может быть этимологически связано с глаголом «снитить» со значением «беднеть». Можно предположить, что Шнитником прозвали того, кто потерял часть своего имущества. Не исключено также, что именование Шнитник является не прозвищем, а именем, которое восходит к глаголу «снитить» в значении «гибнуть, пропасть». Так, нарекая младенца Шнитником, родные хотели, чтобы он рос крепким и здоровым. Среди известных однофамильцев можно назвать русского генерала, участника войн Крымской и русско-турецкой 1877-1878 годов Николая Федоровича Шнитникова, епископа Сердобольского, викария Финляндской епархии Киприана, известного в миру как Алексей Яковлевич Шнитников.