Фамилия Шнкарева — редкая и нестандартная по своему строению. В ней сразу бросается в глаза отсутствие гласной в корне: сочетание «шнк» для русского языка нетипично. Это первый ключ к разгадке: скорее всего, перед нами не исконно русская основа, а искажённое, переоформленное иноязычное слово или прозвище. Скорее всего, исходная форма фамилии — Шнкарев, а вариант на -а указывает на женскую линию или принадлежность (Шнкарева — «жена или дочь Шнкарева»).

Самая вероятная версия образования — от прозвища или профессии, связанной с немецким или голландским языком. Корень может восходить к слову «шнак» (нем. Schnack — «болтовня, пустой разговор», или Schnake — «комар, мошка», а также «уж»). В русских говорах, особенно на северо-западе и в Прибалтике, где было сильное немецкое влияние, слово «шнак» могло означать болтуна, пустомелю, а «шнака» — мелкого, назойливого человека. При адаптации фамилии двойная согласная могла упроститься, а гласная выпасть, что дало «Шнкарев». Подобные усечения встречаются в фамилиях, записанных малограмотными писарями: Шкарев (от шкара — шкура) или Шмаков (от шмак — вкус).

Менее правдоподобна, но возможна версия от названия населённого пункта. В Польше и Беларуси есть топонимы с основой «Шнк-» (например, деревня Шняки), но для русского суффикса -ев/-ов такая основа нехарактерна — обычно от названий мест образуют фамилии на -ский/-цкий. Поэтому географическая версия слабая.

Суффикс -ев в фамилии Шнкарев указывает на принадлежность: «сын Шнкаря» или «человек из семьи Шнкарей». Это типичная русская патронимическая модель, но с необычным корнем. Фамилия встречается в единичных записях, преимущественно в центральных и северо-западных областях России, что косвенно подтверждает её западное или прибалтийское происхождение.

Таким образом, предок носителя фамилии Шнкарев, скорее всего, получил прозвище от немецкого слова, обозначавшего болтуна или мелкого, надоедливого человека, либо был связан с ремеслом, где использовалось это слово (например, ловля ужей или борьба с мошкарой). Точное значение утрачено, но сама необычность фамилии говорит о том, что её корни уходят в среду активных контактов русских с немецкими колонистами или жителями Прибалтики.