Фамилия Шныгин образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Шныги). Основа здесь — «шныга», и именно её толкование открывает главную загадку фамилии.

Слово «шныга» в русских говорах имеет два заметных значения, и оба могли стать источником прозвища. Первое — бойкий, юркий человек, который всюду суется, «шныряет». Такое прозвище давали непоседе, расторопному торговцу или ловкому проныре. Второе значение — диалектное, из северных и сибирских говоров: «шныга» — это мелкая рыбёшка, снеток или малёк. Прозвище могли дать невысокому, худощавому человеку. Оба варианта правдоподобны, но первое — «шныряющий» — встречается в источниках чаще и легче объясняет активный характер прозвища.

Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на -а (Шныга). Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. В южных и восточных регионах чаще встречаются фамилии на -ов.

В документах фамилия Шныгин фиксируется с XVII века. В переписных книгах Русского Севера, например, в Вологодском уезде, встречаются крестьяне Шныгины — скорее всего, потомки того самого «шныги», ловкого или мелкого человека. В XIX веке фамилия расселилась шире, но сохранила привязку к северным губерниям: Вологодской, Архангельской, Вятской.

Стоит отметить, что однокоренные фамилии — Шныгин, Шнырёв, Шныров — имеют разную географию. Шнырёв чаще встречается на юге России, а Шныгин — на севере, что подтверждает диалектную природу основы. Никакого отношения к белорусскому или украинскому языку фамилия не имеет — это чисто русское образование от говоров северного наречия.