Фамилия Шобокшонов — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не русский, а тюркский или монгольский. Основа «шобокшон» или «шобокшо» в современных тюркских языках не имеет ходового значения, но её можно разложить на две части. Первая часть — «шобо» — в бурятском и монгольском языках означает «птица». Вторая часть — суффикс «-кшон» или «-кшо» — указывает на действующее лицо, мастера или охотника. Таким образом, исходное прозвище Шобокшон могло означать «птицелов», «сокольник» или «охотник на птиц». В степных и лесных культурах Южной Сибири и Забайкалья охота с ловчими птицами была занятием знатным и почётным, так что прозвище могло закрепиться за человеком, который держал ловчих птиц или промышлял дичью.

Русский суффикс «-ов» в конце фамилии — типичный патронимический формант, который добавили уже при адаптации фамилии в русскую среду. Получается, что Шобокшонов — это «сын того, кого звали Шобокшон». Фамилия не могла возникнуть в центральной России: её ареал — Бурятия, Иркутская область, Забайкалье, возможно, Алтай. В этих регионах фамилии на «-ов» нередко приставляли к местным прозвищам и именам, когда бурятские, эвенкийские или якутские роды входили в состав Российской империи и получали документы.

Интересно, что фамилия Шобокшонов не встречается в списках дворянских родов и не фиксируется в старых переписях европейской части России. Это говорит о том, что носители фамилии — выходцы из сибирских казаков, крещёных инородцев или крестьян-старожилов, которые переняли прозвище от местного населения. В советских архивах фамилия встречается эпизодически, чаще всего в Забайкальском крае и Бурятии.

Других версий происхождения, кроме «птицелов», почти нет. Спекуляции с корнем «шоб» как искажённым «щоб» (чтобы) или «шоб» в значении «шум» лингвистически несостоятельны: для русского уха фамилия звучит непривычно, а для тюркского — прозрачно. Так что с высокой вероятностью предки носителя фамилии Шобокшонов были людьми, знавшими толк в охоте с птицей, и жили в Сибири.