Фамилия Шобудинова — женская форма, образованная от мужской фамилии Шобудинов. В русской традиции такие фамилии чаще всего принадлежали крестьянским и мещанским родам, где суффикс -ов-/-ев- указывал на принадлежность («чей?» — сын Шобудина). Основа здесь неочевидная, и именно в ней скрыта главная загадка.

Корень «шобуд» не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах. Самая вероятная версия — искажённое или диалектное звучание арабского имени Шабудин (Шахабуддин) — «звезда веры». В Поволжье и на Урале, где веками жили татары и башкиры, такие имена нередко русифицировали: отбрасывали мягкий знак, добавляли русский суффикс. Так татарское Шабудин или Шобудин превращалось в фамилию Шобудинов. Если предки носили её, они могли быть выходцами из татарских или башкирских родов, принявших православие, либо из смешанных семей.

Менее вероятная, но допустимая версия — прозвище от диалектного глагола «шобудить» (шуметь, возиться, суетиться). В некоторых говорах так говорили о непоседливом человеке. Однако в словарях русских говоров этот глагол не зафиксирован широко, поэтому версия с восточным именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия редкая. В открытых данных встречается преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — то есть именно там, где русские фамилии на -ов образуются от тюркских основ. В центральных регионах России она почти не встречается.

Однокоренных фамилий мало: Шобудин, Шобутинов (если от «шобутить» — встревожить). Сравнение с ними показывает, что основа устойчивая, а вариативность минимальна — значит, фамилия не переосмысливалась народной этимологией и сохранила исходный корень.