Фамилия Шоисматов — один из тех случаев, когда необычное звучание указывает на восточное происхождение, а суффикс — на обрусение. Самая вероятная версия связывает её с арабским именем Шуайб (в русской транскрипции — Шоиб, Шоиб). Это имя носил один из пророков в исламе, тесть пророка Мусы (Моисея). Значение имени — «народ», «племя», но в переносном смысле его толкуют как «объединяющий», «собирающий вокруг себя».

Словообразовательная цепочка здесь прозрачна: основа Шоисмат — это, скорее всего, форма имени Шоиб, адаптированная в таджикской или узбекской среде с добавлением персидского компонента «мат» (от арабского «матлюб» — «желанный» или как часть сложного имени). В таком случае Шоисмат — это усечённая форма от Шоисматулло или подобного составного имени, где «Шо» означает «шах», «господин», а «мат» — «желанный». Полное имя могло значить «желанный господин». Русский суффикс -ов добавился уже в документах при оформлении фамилии, стандартно для выходцев из Средней Азии.

Географически фамилия тяготеет к Таджикистану и Узбекистану, особенно к районам с таджикоязычным населением. В России она редка и встречается в основном в семьях, переехавших в советское время. В отличие от многих восточных фамилий, где суффикс -ов часто присоединяли к отчеству (отец — Шоисмат, сын — Шоисматов), здесь форма закрепилась за родом в целом.

Вторая, менее популярная версия выводит основу из арабского «шуа» (луч) и «исмат» (безгрешность, чистота), но это выглядит как народная этимология: соединение двух корней в одном слове без морфологической логики. Более правдоподобно считать, что Шоисматов — это патроним, образованный от имени Шоисмат, которое, в свою очередь, является стяжением более длинного теофорного имени (с упоминанием Аллаха).

Носители фамилии — потомки людей, чьи предки носили это имя либо как личное, либо как уважительное прозвище. Сословно это могли быть крестьяне или ремесленники, так как фамилии с таким суффиксом в Средней Азии фиксировали за всеми слоями населения, а не только за знатью.