Фамилия Шохнина — женская форма, а мужская — Шохнин. Она образована по самой частотной в русском языке модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность. Шохнин — буквально «сын Шохни» или «человек из рода Шохни». Чтобы понять корень, нужно разобраться с прозвищем Шохня.

Вероятнее всего, Шохня — это производная форма от имени или прозвища с основой «шох-». В русских говорах слово «шоха» имело несколько значений: так могли называть зазнайку, гордеца, а в некоторых диалектах — неопрятного, неряшливого человека. Есть и другая версия: Шохня — это вариант крестильного имени Александр, но не напрямую, а через народные формы вроде Шура, Саша, где произошла замена звуков. Эта гипотеза менее убедительна, так как цепочка «Александр → Шохня» не прослеживается в известных словарях русских личных имён.

Более надёжную подсказку даёт география. Фамилия Шохнин и её варианты (Шохнов, Шохов) встречаются в основном в северных и центральных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской, а также в Пермском крае. В этих местах слово «шоха» как прозвище было в ходу. Вологодские говоры, например, фиксируют «шоха» в значении «важный, спесивый человек». Значит, родоначальник Шохниных мог получить прозвище за характер — за гордость или, наоборот, за небрежность, в зависимости от местного значения.

Интересная деталь: фамилия Шохнина редко встречается за пределами России, в отличие от более распространённых Шохиных или Шоховых. Это указывает на локальное бытование прозвища и, возможно, на сравнительно позднее закрепление фамилии — в XVII–XVIII веках, когда крестьяне и посадские люди массово получали фамилии по прозвищам. Сословно предки Шохниных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками: в дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована.