Фамилия Шоходжаев — одна из тех, что ясно указывает на восточные, а точнее — на среднеазиатские корни. Первое, что бросается в глаза, — это основа «Ходжа», которая в тюркских и иранских языках означает «господин», «хозяин», «наставник» или «потомок пророка» (через четвертого халифа Али). В дореволюционной Средней Азии ходжами называли людей, которые вели свой род от арабских проповедников ислама, и это звание давало высокий социальный статус.

Приставка «Шо-» (от персидского «шах» — «царь», «владыка») усиливает значение: Шоходжа — это «царь ходжей» или «главный ходжа». Скорее всего, такое имя-прозвище давали человеку, который пользовался особым уважением в общине, был религиозным авторитетом или старшиной среди ходжей. Встречаются и формы «Шах-Ходжа», «Шо-Ходжа» — это одно и то же, просто разное написание в зависимости от диалекта.

Русский суффикс «-ев» (вариант «-ов» после мягкой основы) указывает на принадлежность: Шоходжаев буквально значит «сын Шоходжи». Такая модель образования фамилий типична для народов, вошедших в состав Российской империи в XIX–XX веках, когда к местным именам добавляли русские патронимические суффиксы. Таким образом, фамилия Шоходжаев — это не случайный набор звуков, а точный социальный маркер: предок носителя был уважаемым человеком из рода ходжей, возможно, имамом, мударрисом (учителем медресе) или крупным землевладельцем, чей статус закрепился в имени.

Географически фамилия распространена в Узбекистане, Таджикистане, а также среди выходцев из этих регионов в России. Встречается и в форме Шоходжаев, и как Шахходжаев — разница только в транслитерации персидского «шах». Иногда основу путают с тюркским «ходжа» в значении «купец» (от турецкого «hoca»), но в данном случае религиозный подтекст первичен: в Средней Азии ходжами называли именно потомков пророка, а не просто торговцев.