Фамилия Шокшуев — редкий случай, когда происхождение почти наверняка не связано с русским языком, а уходит корнями в тюркские или финно-угорские наречия Поволжья и Урала. Основа фамилии — «шокшу» или «шокш». В первую очередь это название реки Шокша в Мордовии и Карелии, а также этноним «шокша» — субэтнической группы мордвы-эрзи. Если предок носителя фамилии происходил из мест, где жили шокшане, или стоял на реке Шокше, прозвище «Шокшуй» (или «Шокша») могло закрепиться за ним по месту жительства. Однако суффикс -уев, а не более типичный для русских фамилий -ин, указывает на тюркскую модель образования: в тюркских языках суффикс -уй/-уй образует прилагательные или имена принадлежности. Таким образом, Шокшуев могло означать «сын Шокшуя» или «принадлежащий к роду Шокшу».

Версия с чисто тюркским корнем тоже правдоподобна. Слово «шокшу» могло быть прозвищем, образованным от глагола со значением «бить, колотить» (ср. татарское «шук» — бойкий, шаловливый) или от названия птицы (например, «шокш» — вид сокола в некоторых тюркских диалектах). В таком случае Шокшуй — человек с бойким, драчливым характером либо прозванный за сходство с хищной птицей. Оба варианта — и географический, и прозвищный — не противоречат ареалу фамилии: Шокшуевы встречаются среди татар, башкир и чувашей, а также у русских в Поволжье, куда фамилия могла попасть через тюркскую среду.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. Суффикс -уев (а не -ов/-ев) встречается в русских фамилиях редко и почти всегда указывает на тюркское влияние: ср. Булгучев, Кандауров. В фамилии Шокшуев этот суффикс указывает, что основа «Шокшу» — имя или прозвище, а не просто топоним. Если бы предка звали просто Шокша, фамилия скорее звучала бы как Шокшин, но здесь мы видим более сложную модель, типичную для татарских и башкирских родовых именований.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, не принадлежали к высшему дворянству. В дореволюционных списках Шокшуевы фигурируют среди крестьян и мещан Казанской, Симбирской и Уфимской губерний. Встречаются также среди служилых татар, которые после завоевания Казани переходили на русскую службу, получая земли и фамилии по отчеству. Таким образом, предок мог быть как рядовым общинником, так и конным воином, но в любом случае его прозвище или место жительства оказались устойчивее, чем социальный статус.