Фамилия Шоненкова — женская форма, но разговор о ней стоит начать с мужского варианта Шоненков. Эта фамилия образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -енков. Суффикс -енков (фонетический вариант -онков) характерен для южнорусских и украинских земель, где он указывал на принадлежность к роду: «Шоненок» означало «маленький Шон» или «сын Шона». В северных и центральных областях России чаще использовали суффикс -ов, так что Шоненков — фамилия с чёткой региональной окраской.

Основа «Шон» — самая сложная часть. Скорее всего, это не славянское имя, а заимствование. В XIX веке на юге Российской империи, особенно в Новороссии и на Кубани, жили переселенцы-болгары, сербы и греки. Имя Шон могло быть вариантом болгарского или сербского имени Стоян (в местных говорах — Шон, Шоно) или греческого Иоанн, сокращённого до Шон (через промежуточные формы Сон, Шон). Есть и другая, менее вероятная версия: прозвище Шон могло возникнуть от диалектного слова «шон» — так в некоторых говорах называли соню, медлительного человека. Но в ономастике чаще опираются на антропонимические корни, а не на нарицательные, если у фамилии нет устойчивой бытовой параллели.

По сословной принадлежности Шоненковы, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилии на -енков редко встречаются у дворян (те предпочитали -ов/-ев или -ский). В метрических книгах XIX века Шоненковы фиксируются в Екатеринославской, Херсонской губерниях и в Области Войска Донского — как раз в тех краях, где оседали южнославянские и греческие переселенцы. Это косвенно подтверждает версию о заимствованном имени.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шонин, Шонов, Шонский — показывает, что модель Шоненков стоит особняком. Шонин и Шонов могли образоваться от того же корня, но в разных регионах, а Шонский — явно польский или белорусский вариант (с суффиксом -ский). Шоненкова же сохраняет южнорусский колорит и указывает на конкретную семейную традицию: «из рода Шона».

В написании фамилии встречаются варианты Шоненко (без -в) — это украинская форма, где суффикс -енко означает «сын» без дальнейшего русского наращения. Если предки носили фамилию Шоненко, а в документах появилась Шоненкова, это типичный случай «обрусения» украинской фамилии при переезде в великорусские губернии или при оформлении паспортов в советское время.