Прозвище Шоня, вероятно, происходит от пермского глагола «шонить», означающего «мешкать, медлить, возиться». Соответственно, Шоней могли прозвать медлительного, нерасторопного, вялого человека. Фактически фамилия Шоненков представляет собой отчество второго порядка: Шоненков - сын человека по фамилии Шоненко и внук Шони. Суффикс -енко в составе фамилии указывает на то, что фамилия Шоненков складывалась под восточно-украинским влиянием. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шоня, со временем получил фамилию Шоненков.