Фамилия Шонскова — женская форма мужской фамилии Шонсков, и её разбор стоит начать с суффикса. -ск- в русских фамилиях обычно указывает на географическое происхождение: такую модель получали выходцы из села или города, чьё название оканчивалось на -ск, -цк или -ск(ое). В основе фамилии лежит топоним Шонск (или Шонское), который, судя по редкому корню, мог быть небольшим поселением в западных или северных регионах России.

Корень «шон-» нехарактерен для славянских языков. Это наводит на мысль о заимствовании: возможно, из финно-угорских говоров (ср. карельское šona — «мелкий, дробный» или коми «шон» — «солнце, свет») либо из балтийских (лит. šonas — «бок, сторона»). Если поселение называли Шонск по расположению «на боку» холма или реки, то фамилия Шонсков — «родом из Шонска».

В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, модель с -ск- была более характерна для дворянства и духовенства (особенно после семинарской реформы), но в простонародье её тоже давали переселенцам — как маркер «откуда пришёл». Таким образом, предок носительницы этой фамилии мог быть крестьянином или мещанином, переехавшим из деревни Шонск (или Шонское) в другую местность, где его прозвали по месту выхода.

Фамилия Шонскова встречается редко. По данным современных переписей, её можно найти в основном в центральной России и Поволжье — что косвенно подтверждает миграционный характер. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Шо́нскова, хотя в устной речи возможны варианты. Из-за нетипичного корня и малой распространённости эта фамилия не имеет известных тёзок в истории, но её уникальность — в прямом указании на забытое географическое название.