Фамилия Шонтя — редкая, и её происхождение неочевидно. Судя по окончанию, она не вписывается в типичные славянские модели на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия с молдавской или румынской основой, адаптированная к русской письменной традиции.

Ключ к разгадке — в географическом ареале. Фамилия Шонтя встречается в основном на юго-западе России, в Молдове и на Украине, особенно в Приднестровье. Это указывает на её возможную связь с румынским словом «șont» (шонт) — «хромой» или «прихрамывающий». В румынском языке суффикс -ea (читается как -я) часто образует фамилии по типу прозвищ: Шонтя буквально означает «хромой» или «тот, кто хромает». Так могли прозвать человека с характерной походкой.

Есть и альтернативная, но менее вероятная версия. В некоторых южнославянских говорах (болгарском, сербском) существует слово «шонт» в значении «косой» или «кривой». Однако румынское происхождение выглядит убедительнее, учитывая распространённость фамилии именно в зонах исторического влияния Румынии.

Морфология фамилии проста: основа Шонт- и окончание -я, характерное для румынских фамилий (ср. Карагия, Бэлан). При переходе в русский язык окончание закрепилось как -я, а сама фамилия стала склоняться как существительное женского рода (Шонтя, Шонтю, Шонтей), хотя носителем может быть и мужчина. Это типичная ситуация для фамилий неславянского происхождения в русской среде.

Поскольку фамилия редкая, а её основа — прозвищная, говорить о каком-то одном сословии или роде занятий предков сложно. Скорее всего, первый носитель получил это прозвище в сельской общине за физическую особенность, и оно закрепилось как родовое имя. В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века в метрических книгах Бессарабской губернии, что подтверждает её молдавские корни.