Фамилия Шония имеет мегрельское происхождение. Мегрелы – это этническая группа грузинского народа, представители которой живут преимущественно в западных равнинных районах Грузии и на востоке Абхазии. Большинство мегрельских фамилии заканчиваются на –иа (по-русски часто передаётся как –ия). Фамилия Шония образована от прозвища Шони. Оно восходит к географическому названию Шони: так мегрелы называют Сванетию — северо-западную часть Грузии. Вероятнее всего, основатель рода Шония был выходцем из Сванетии.