Фамилия Шоова — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Она явно не вписывается в стандартную великорусскую модель на -ов/-ев, образованную от имени или прозвища, и её основа «Шоо» звучит нетипично для славянского уха. Самое простое и правдоподобное объяснение — кавказское, точнее, адыгское или абазинское происхождение.

В адыгских (черкесских) и абазинских фамилиях часто встречается окончание -ва (-уа), которое в русской передаче XIX–XX веков превращалось в -ов, -ев или -ва. Фамилия Шоова (с ударением, скорее всего, на первом слоге: Шо́ова) — это русифицированная форма исходной адыгской фамилии, которая могла звучать как Шоуа, Шъоуа или Шоу. Корень «Шо» (Шъо) в адыгских языках может означать «всадник», «конный» или восходить к личному имени. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть человеком, чьё прозвище или родовое имя было связано с конем и верховой ездой.

Менее вероятная, но формально возможная версия — тюркская. В языках тюркской группы есть слово «шоо» или «чоо» с разными значениями (например, «потомок» или часть составных имён), но в таком случае фамилия должна была бы иметь окончание -улы/-уулу (как в казахских или киргизских фамилиях) или -оглы. Русское окончание -ов здесь выглядит искусственной приставкой, которую могли дать при паспортизации, но для тюркских фамилий это было бы скорее исключением, чем правилом.

Славянская версия — например, от прозвища «Ший» (от глагола «шить») или от редкого имени вроде Шоха — не выдерживает критики. Фонетика «Шоо» с двойным «о» совершенно нехарактерна для русских говоров, где такое сочетание почти всегда распадалось бы на «Шов» или «Шой». Если бы фамилия была исконно русской, она бы писалась как Шоов (с одним «о» в основе) или Шоев.

Словообразовательно фамилия Шоова стоит особняком: суффикс -ов здесь не столько патронимический (указывающий на отца), сколько адаптационный — он «обрусел» исходную иноязычную основу, чтобы вписать её в привычную для Российской империи систему фамилий. Географически носители фамилии Шоова чаще всего встречаются в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии и Адыгее, что подтверждает адыгскую гипотезу. В центральных русских областях эта фамилия — большая редкость.