Фамилия Шортова — женская форма фамилии Шортов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В отличие от большинства русских фамилий, она не образована от крестильного имени или распространённого ремесла, и её корень требует разбора.

Скорее всего, основа «Шорт» — это прозвище или профессиональное именование. В русских говорах слово «шорт» не встречается, зато есть заимствования из тюркских языков: «шорт» или «шорта» могло означать «быстрый», «резвый» или «юркий» человек. В таком случае фамилия Шортов (и Шортова) — это «сын быстрого» или «принадлежащий резвому». Менее вероятна, но возможна связь с английским «short» (короткий): это могло быть прозвище невысокого человека, данное в среде, где общались с иностранцами, или же фамилия могла возникнуть в среде обрусевших немцев или голландцев на русской службе.

По словообразовательной модели фамилия типична для русского Севера и Поволжья. Суффикс -ов/-ев указывает на отчество или прозвище отца, а не на географическое название. Встречаемость фамилии Шортова в современных базах данных невысока, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в Вологодской или Архангельской областях, где сохранились архаичные прозвища.

Версия о тюркском корне выглядит предпочтительнее: на Руси такие прозвища давали за характер или повадки, и фамилия Шортова могла принадлежать потомку человека, которого в деревне звали Шортом за его проворство.