Фамилия Шошис — одна из тех, что сразу выдают своё балтийское происхождение. Типичный литовский суффикс -ис (реже -ас, -ус) указывает на то, что перед нами не славянское, а литовское окончание, которое в русском языке часто не склоняется или склоняется по особому образцу. В самой Литве такие фамилии — обычное дело, и они говорят о том, что предок носителя фамилии был литовцем или жил на территории Великого княжества Литовского.

Основа фамилии — «Шош-» — скорее всего, восходит к литовскому слову šošė, что означает «сорока». Прозвище Сорока или подобное ему могло закрепиться за человеком по разным причинам: из-за пёстрой одежды, говорливости, привычки стрекотать или даже из-за внешнего сходства (например, длинный нос). В литовской ономастике такие «птичьи» фамилии не редкость, и Шошис стоит в одном ряду с фамилиями вроде Варна (ворона) или Гулис (лебедь). Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с древнепрусским или жемайтским диалектным словом, означавшим «шест» или «жердь» (сравните с литовским šūšis), тогда прозвище могло относиться к высокому и худому человеку.

Географически фамилия Шошис наиболее плотно представлена в Литве и среди литовской диаспоры в США и Великобритании. В России она встречается редко, в основном в Калининградской области и в среде потомков литовцев, переселившихся в Сибирь в XIX–XX веках. Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, сословной привязки у неё нет: Шошисами могли быть и крестьяне, и ремесленники, и шляхтичи — в Литве прозвищные фамилии не были закреплены за одним сословием. Интересная деталь: в польских метриках XIX века эту фамилию иногда записывали как Szoszys, адаптируя литовское окончание под польскую графику.