Фамилия Шовган — редкая и звучит не по-русски. Её происхождение почти наверняка связано с украинским или белорусским языком, а не с великорусской традицией. В основе лежит слово «шовган» — в украинских говорах так называли шум, гам, суету, а также человека, который постоянно суетится, торопится или создаёт беспорядок. Прозвище Шовган давали непоседе, шумливому или суматошному человеку.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована от прозвища без дополнительных суффиксов, по типу «бессуффиксных» фамилий, которые характерны для украинской и польской ономастики. Окончание -ан — распространённый украинский суффикс, придающий прозвищный оттенок (сравните: Гайдук — Гайдученко, но и просто Гайдук; Шовган — от шовгати, «шуметь, толкаться»). Если бы фамилия оформлялась по русскому образцу, мы бы увидели «Шовганов» или «Шовганин», но форма без суффикса указывает на западнорусское или малороссийское происхождение.

В польском языке существует слово «szowgan» (произносится «шувган») с тем же значением — суета, толкотня. Не исключено, что фамилия попала в русскую среду через украинское или белорусское посредничество, а её носители могли быть выходцами из Поднепровья или Полесья. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в Волынской и Киевской губерниях, что подтверждает эту географию.

Есть и менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «шов» (слава, почёт) или «шовган» как вариант имени «Шовкет». Но она слабая, поскольку тюркские фамилии на -ан обычно имеют другую огласовку и не фиксируются в украинской антропонимии. Правдоподобнее всего остаётся прозвищная основа: предок Шовган получил фамилию за живой, беспокойный нрав или за привычку суетиться на глазах у всех.