Фамилия Шойхеденко — редкий случай, когда географическая привязка и словообразовательная модель вступают в противоречие. На слух она кажется украинской: суффикс -енко, характерный для Поднепровья и Левобережья, образует фамилии от имени или прозвища отца. Но основа Шойхед- явно не славянская, а еврейская. Это типичный пример фамилии, которую давали в черте оседлости, но оформили по местной модели.

Корень восходит к ивритскому шохет (שוחט) — резник, человек, совершающий ритуальный убой скота по законам кашрута. В идише слово звучало как шойхет или шойхед. Это уважаемая, но не элитарная профессия в еврейской общине: шойхет должен был знать не только ремесло, но и тонкости галахических предписаний. Фамилии Шойхет, Шойхетман, Шойхед — обычны среди ашкеназов.

Вероятнее всего, Шойхеденко — это русифицированная или украинизированная форма фамилии Шойхет. В документах XIX века, особенно при переписях или записи в ревизские сказки, писарь мог прибавить к еврейской основе украинский патронимический суффикс, чтобы вписать носителя в местную систему фамилий. Такая модель встречается у евреев, живших на территории современной Украины, — фамилии вроде Шойхетенко, Хазаненко, Меламеденко. Суффикс -енко здесь не передаёт отчество, а служит адаптацией: «сын шойхета» или просто «тот, кто из семьи шойхетов».

География фамилии, скорее всего, ограничена бывшей чертой оседлости — Киевская, Волынская, Подольская губернии, возможно, Бессарабия. В современных российских базах Шойхеденко почти не встречается, что подтверждает её локальный и относительно поздний характер.

Таким образом, Шойхеденко — не славянская фамилия по происхождению, а еврейская профессиональная, получившая местное окончание. Предок носителя был общинным резником, и его занятие закрепилось в фамилии, обработанной по украинской модели. Спорных версий здесь нет: корень прозрачен, а суффикс объясним контекстом записи.