Фамилия Шоймардонов — одна из тех русских фамилий, чья основа надёжно указывает на восточное, скорее всего тюркское, происхождение. Разбираем её по частям: в центре лежит имя или прозвище Шоймардон. В нём легко угадываются два корня: «шой» (вариант «шах», «шай» — господин, владыка, правитель) и «мардон» (от персидского «мард» — мужчина, человек; «мардон» — множественное число, «мужи», «люди»). Буквально Шоймардон можно перевести как «господин мужей» или «владыка людей» — титул, почётное прозвание, а не крестильное имя. К основе на -дон прибавился русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае не означает «чей сын», а оформляет фамилию как родовое имя.

Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий, но встречается в среде народов Поволжья и Средней Азии. Суффикс -дон в составе личных имён — характерная таджикская или узбекская черта (сравните с именами Джурабек, Хуршед, где «джон» — душа, жизнь, но «дон» как «знающий» или «владеющий»). В сочетании с «шой» получается составное прозвище, которое могло принадлежать уважаемому человеку — старейшине, военачальнику, богатому землевладельцу. Фамилии на -ов от подобных имён фиксировались в основном в XIX веке, когда шёл массовый учёт населения Российской империи, и нерусские имена адаптировали под русскую фамильную модель.

Географически фамилия Шоймардонов тяготеет к регионам с сильным тюркским и ираноязычным влиянием: это Таджикистан, Узбекистан, северный Афганистан, а также таджикские и узбекские диаспоры в России. В русском контексте такая фамилия — редкий гость, её носители, скорее всего, потомки выходцев из Средней Азии, принявших православие или просто получивших фамилию при паспортизации. Альтернативная, но менее вероятная версия — что основа Шоймардон восходит к арабскому «шайх мардон» (старец, предводитель мужей), но в бытовом произношении «шайх» могло редуцироваться до «шой».

Что касается сословной принадлежности, то прямых данных нет. Однако по составу имени можно предположить, что предок носителя фамилии не был крестьянином-бедняком: титул «господин мужей» вряд ли давали простому пастуху. Скорее всего, это род торговцев, духовных лиц или мелких феодалов. Споров о происхождении фамилии почти не возникает — тюрко-персидская основа очевидна, а русский суффикс лишь указывает на время и место оформления фамилии.