Фамилия Шоймардонова — редкий случай в русском ономастиконе, указывающий на географические и культурные корни, далёкие от славянского мира. Она образована от мужской формы Шоймардонов, которая, в свою очередь, восходит к топониму Шоймардон. Так называется село в Таджикистане, в Согдийской области. Житель этого села или выходец оттуда получал прозвище Шоймардон, а его потомки — фамилию на -ов/-ев, типичную для русской модели оформления фамилий из тюркских и иранских основ.

Разбор основы показывает, что «Шоймардон» — слово иранского происхождения. «Шой» может означать «шах» или быть искажённым вариантом «шод» (радость), а «мардон» переводится с таджикского и персидского как «мужчины» или «люди». Таким образом, исходное название села, скорее всего, означало «радостные люди» или «шахские люди». Фамилия Шоймардонова, следовательно, несёт в себе указание на место рождения предка, а не на прозвище или профессию. Суффикс -ов в женском варианте указывает на принадлежность к роду Шоймардоновых.

По сравнению с однокоренными фамилиями, например, Шоймерденов (с вариантом через «е»), написание через «а» во втором слоге более характерно для таджикского произношения, где звук «о» в безударной позиции может редуцироваться. Встречаются также формы Шоймарданов, что говорит о вариативности записи при переносе на русский язык. Фамилия не имеет отношения к дворянским сословиям — это поздняя фамилия, возникшая в XIX–XX веках при фиксации фамилий у народов Средней Азии в составе Российской империи.

Носительницы фамилии Шоймардонова сегодня живут в основном в Таджикистане, Узбекистане и среди диаспор в России. Фамилия нечастотна, и её обладатели, скорее всего, могут проследить свою родословную до конкретного села на севере Таджикистана.