Фамилия Шоюсупов — один из ярких примеров того, как русская письменная форма закрепила восточное имя, превратив его в наследственный родовой знак. Её основа восходит к тюркскому или арабскому составному имени Шоюсуп, которое в свою очередь распадается на две части: «шо» (или «шах») — «господин, владыка» и «юсуп» — арабизированная форма имени Иосиф (Юсуф). Таким образом, имя Шоюсуп буквально означает «господин Юсуф» или «царь Иосиф», что было типичной для мусульманских народов моделью образования имён с почтительным компонентом.

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ов, который присоединяется к основе Шоюсуп. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятнее всего, был записан в документах как Шоюсуп, а его дети и внуки стали Шоюсуповыми. В русской традиции такие фамилии обычно закреплялись в среде, где происходило активное взаимодействие с тюркоязычным населением, — например, у татар, башкир, казахов, узбеков или народов Кавказа, которые входили в состав Российской империи и получали паспорта с русифицированными окончаниями.

Географически фамилия Шоюсупов чаще всего встречается в регионах с преобладанием тюркского населения: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области, а также в Средней Азии — особенно в Узбекистане и Казахстане. В отличие от многих русских фамилий, которые могут иметь несколько версий происхождения, здесь спор практически отсутствует: корень прозрачен, а суффикс однозначно указывает на способ адаптации имени в русской административной среде. Двойное «о» в начале («Шо-» вместо «Ша-») может отражать местный диалектный произносительный вариант — в некоторых тюркских языках звук «а» под влиянием соседних гласных редуцируется или переходит в «о».

Род занятий предка по этой фамилии восстановить невозможно — основа не содержит указания на профессию или сословие. Можно лишь предположить, что первый носитель имени Шоюсуп не был человеком низкого происхождения, так как компонент «шах» в имени подчёркивал уважение или высокий статус, но это скорее традиция имянаречения, чем документальное свидетельство. В целом Шоюсупов — фамилия, которая чётко фиксирует момент культурного и языкового контакта: восточное имя, обретшее русское окончание и ставшее фамилией целого рода.