Фамилия Шойынбекова — это женская форма мужской фамилии Шойынбеков, которая имеет тюркское происхождение. Её основа — казахское слово «шойын», что означает «чугун» или «чугунный». В сочетании с компонентом «бек» (вождь, господин, правитель) фамилия буквально переводится как «чугунный бек» или «крепкий, как чугун, правитель». Такое имя-прозвище в дореволюционной Средней Азии могли дать человеку за физическую силу, выносливость или твёрдость характера, сравнивая его с прочностью металла.

Словообразовательная модель типична для казахских и других тюркских фамилий: основа (шойын + бек) + русский патронимический суффикс -ов/-ев (в мужском варианте) и окончание -а для женского рода. Суффикс указывает на принадлежность к роду: Шойынбеков — потомок человека по имени или прозвищу Шойынбек. В казахской традиции такие сложные имена (с компонентом «бек») часто носили люди из привилегированных слоёв, например, из родовой знати или военной верхушки, но со временем они распространились и среди простых кочевников, подчёркивая уважение к предку.

Географически фамилия Шойынбекова наиболее распространена в Казахстане, особенно в южных и центральных областях, а также среди казахской диаспоры в России (Оренбургская, Астраханская области) и в странах Средней Азии. Встречаются варианты написания: Шойынбеков (мужской род) и Шоинбекова (с упрощением «й» на «и»), но основной корень остаётся неизменным.

Редкость фамилии в том, что компонент «шойын» не так часто встречается в тюркских именах по сравнению с более популярными «алтын» (золото) или «темир» (железо). Это делает фамилию Шойынбекова уникальной по звучанию и прямому указанию на качество «чугунный», что выделяет её среди однокоренных фамилий вроде Шойынбаева или Шойынова. Предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были людьми с твёрдым нравом или занимались ремёслами, связанными с металлом, хотя точное сословное происхождение (знать или простолюдины) без генеалогических записей установить сложно.