Фамилия Шойжилова звучит для русского уха непривычно — и неспроста. Её корни уходят в бурятскую и монгольскую языковую среду. Основа фамилии — мужское имя Шойжил, которое восходит к тибетскому «чойжил» (чойжал, чойджил), что означает «владыка веры» или «царь учения». В буддийской традиции так называют одного из хранителей веры, нечто вроде грозного защитника дхармы. Имя было распространено среди бурятских лам и верующих, а затем перешло в фамилию.

Модель образования здесь не русская, а местная: к основе Шойжил добавили типичный для бурятских фамилий суффикс -ов/-ев, но с женским окончанием -а. В бурятской ономастике фамилии часто оформлялись по русскому образцу, особенно после вхождения Бурятии в состав Российской империи. Мужской вариант — Шойжилов, женский — Шойжилова. Встречаются также варианты Шойжилов, Шойжил, но форма с суффиксом -ов закрепилась в документах.

Географически фамилия Шойжилова привязана к Бурятии, Забайкальскому краю и Иркутской области — регионам, где традиционно проживают буряты. Встречается и среди калмыков, но реже. В русских областях эта фамилия почти не бытует, что сразу указывает на её восточное происхождение.

Предки носителей фамилии, скорее всего, были связаны с буддийским духовенством или с семьями, которые глубоко чтили ламаистские традиции. Имя Шойжил давали не случайно — оно подразумевало религиозную или охранительную функцию. Поэтому можно предположить, что первые Шойжиловы происходили из среды лам, хувараков (послушников) или зажиточных скотоводов, которые могли позволить себе дать сыну «имя-оберег». Сословно это были не крепостные, а свободные люди — араты или духовные лица.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила тибетский элемент в бурятской передаче. В русском языке она выглядит как типичная фамилия на -ов, но её семантика совершенно иная. Если сравнивать с однокоренными, то в той же Бурятии есть фамилии Чойжилов, Чойджилов — это варианты одной основы, различающиеся транскрипцией.