Фамилия Шойжинимаев — редкий случай в русском ономастиконе, поскольку образована от полного тибетского имени, а не от прозвища или названия ремесла. В основе лежит мужское имя Шойжинима (в русской транскрипции часто встречается как Шойжинима, Шойжи-Нима), которое состоит из двух корней: «шойжи» (тиб. ཆོས་ཀྱི — «Дхармы», «учения», «Закона Будды») и «нима» (тиб. ཉི་མ — «солнце»). Таким образом, имя означает «Солнце Учения» или «Солнце Дхармы» — типичный для буддийской традиции составной антропоним, подчёркивающий духовный статус или пожелание просветления.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от иноязычных имён, особенно распространённую в среде бурят и калмыков в XIX–XX веках. В русском делопроизводстве к тибетскому или монгольскому имени просто прибавляли патронимический суффикс: «чей?» — Шойжинимаев, то есть сын Шойжинимы. Никакого дополнительного прозвищного значения у суффикса нет — это чисто формальный способ русификации.

Географически фамилия почти наверняка происходит из Бурятии или, реже, из Калмыкии. Среди бурятских родов имена с корнем «шойжи» (от санскр. dharma через тибетский) давали детям в семьях, связанных с буддийским духовенством: лам, хувараков (послушников) или просто набожных мирян. Встречается вариант написания Шойжинимаев с буквой «ё» под ударением, хотя в паспортах чаще фиксируют «е» — это не меняет происхождения.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия стоит в одном ряду с такими бурятскими фамилиями, как Гармаев, Цыренов, Доржиев, но отличается тем, что имя-основа не сокращена, а дана целиком. Это редкая черта: обычно длинные тибетские имена редуцировали до первого слога (например, Шойжо вместо Шойжинима), но в данном случае фамилия сохранила полную форму исходного антропонима. Поэтому носитель фамилии Шойжинимаев может быть уверен: его предка звали именно так, и имя это носило ярко выраженный буддийский, учительный смысл.