Фамилия Шпаиновер — редкий случай для русской ономастики: она не славянская по корню, а немецкая или еврейская (ашкеназская) по происхождению, но при этом оформлена по русской модели с суффиксом -ов. В исходном виде она звучала как Шпайновер или Шпаиновер, а русское окончание -ов добавили уже на территории Российской империи, когда фамилию адаптировали под местные паспортные стандарты. Если разобрать основу, то в ней угадываются два немецких элемента: «Шпайн» (Spein — диалектный или искажённый вариант от «шпайхер», то есть «амбар», «склад») и «-овер» (от Über — «над», «сверх»). В сумме это могло означать «над амбаром» или «тот, кто живёт выше амбара» — типичное немецкое топонимическое прозвище по месту жительства, которое затем стало фамилией.

Есть и вторая, более прозрачная версия: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта. В немецкоязычных землях встречаются топонимы вроде Шпайнов (Speinow) или Шпайнер (Speiner), а суффикс -овер в таком случае указывает на выходца оттуда («из Шпайнова»). После переселения в Россию, особенно в черту оседлости или поволжские колонии, немецкую фамилию русифицировали, добавив типовое окончание -ов. Эта версия правдоподобнее: она объясняет и редкое сочетание звуков, и то, что фамилия не встречается в старых немецких метриках в таком виде, зато фиксируется у потомков немецких или еврейских переселенцев.

По сословной принадлежности носители Шпаиновер скорее всего были мещанами или государственными крестьянами — ни дворянских родов с такой фамилией, ни купеческих гильдий история не сохранила. Встречаемость фамилии крайне низкая: в современных базах данных она единична, в основном на юге России и в бывших немецких колониях Украины. Это именно та фамилия, где географическая привязка говорит больше, чем корень: Шпаиновер — маркер миграции XVIII–XIX веков, когда немецкоязычные колонисты или еврейские переселенцы получали «русский» паспорт с переделанной фамилией.