Фамилия Шпановер относится к числу относительно редких и почти наверняка имеет искусственное, семинарское происхождение. В её основе лежит немецкое или идишское словообразование: «Span» (стружка, щепка) и «über» (над, сверх), что в сумме могло означать «надстружечник» или, в переносном смысле, «тот, кто над стружкой» — возможно, насмешливое прозвище для столяра или плотника, работающего с деревом. Однако более вероятно, что это фамилия, образованная от названия населённого пункта — например, Шпанов (Spannau) в Германии или Шпановер в Восточной Пруссии. Такие фамилии на -ер, как правило, указывают на выходца из конкретного места: Шпановер — «тот, кто родом из Шпанау».

В России фамилия Шпановер встречается в основном среди потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье и на юг империи в XVIII–XIX веках, а также среди еврейского населения, у которого фамилии на -ер нередко означали профессию или место. Суффикс -ер в русской передаче — характерный признак немецких фамилий, которые не склонялись по падежам в мужском роде, но могли адаптироваться к русской грамматике.

Семинарские фамилии, то есть те, что давали выпускникам духовных училищ, часто конструировали из латинских, греческих или немецких корней, чтобы придать им благозвучие. Шпановер могла быть образована от немецкого «Span» (стружка) с намёком на ремесло плотника — такую фамилию могли дать ученику, чей отец занимался деревообработкой. В пользу этой версии говорит и то, что в семинарской среде нередко калькировали профессии на иностранный манер.

Поскольку фамилия редкая, её носители не образуют обширной географической сети. Основные очаги — бывшие немецкие колонии в Саратовской, Самарской областях, а также в Одесской области Украины. Встречается она и в еврейских метрических книгах XIX века, особенно на территории современной Беларуси и Литвы, где фамилии на -ер были распространены. Точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет, но, судя по профессиональной основе, это могли быть ремесленники или сельские жители.