Фамилия Шпончиков — один из тех редких случаев, когда исходное слово-прозвище настолько конкретно и материально, что почти не оставляет пространства для споров. Основа здесь — «шпончик». В русском языке так называли мелкую деталь, застёжку или гвоздик (уменьшительное от «шпон» или «шпень»), но в народной речи слово имело и переносный смысл. Шпончиком могли прозвать человека маленького роста, щуплого телосложения или, наоборот, слишком суетливого и «вертлявого», как шпень в механизме.

Модель образования проста: суффикс -ов (вариант -ев после мягкого согласного) указывает на принадлежность — «сын Шпончика». По такой же схемы сложились тысячи русских фамилий от прозвищ и профессий. Но здесь важно не спутать с фамилией Шпонкин: разница в суффиксе -к- говорит о том, что в основе лежало именно ласкательное или уменьшительное прозвище, а не прямое название профессии. Шпонкин мог быть сыном Шпонки (того, кто делал шпонки — крепёжные детали), а Шпончиков — сыном Шпончика, то есть человека с соответствующим внешним или поведенческим признаком.

В письменных источниках фамилия встречается крайне редко, что неудивительно: она явно относится к числу «кабинетных» — то есть не массовых, а возникших в одном роду и не получивших широкого распространения. Основной ареал, по косвенным данным, — центральные и северо-западные губернии России, где были развиты ремёсла, связанные с деревообработкой и металлическими скрепами (столярное, бондарное, кузнечное дело). Вполне возможно, что первый носитель фамилии был либо мелким ремесленником, либо получил прозвище за внешность.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Шпончиков не упоминается — это говорит о том, что фамилия не входила в основной корпус дворянских или купеческих родов и оставалась в крестьянской или мещанской среде. В современной России она сохраняется единично, чаще всего в виде Шпончиковы (с ударением на первый или второй слог — точно не установлено, так как письменная фиксация редка).