Фамилия Шпратов — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа не славянская, а немецкая, и это сразу задаёт направление поиска. Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, который присоединили к корню Шпрат-. Такая схема характерна для фамилий, появившихся у выходцев из немецких земель, осевших в России.

Корень Шпрат восходит к немецкому слову Sprott — так называют мелкую морскую рыбу, кильку или шпрота (в русском языке слово «шпрот» — заимствование из немецкого). В Германии фамилия Sprott или Sprotte встречается как прозвище: так могли назвать либо торговца рыбой, либо невысокого и шустрого человека — по аналогии с мелкой рыбёшкой. Есть и вторая, менее вероятная версия: от нижненемецкого spraten — «трещать, хрустеть», что могло быть прозвищем болтливого человека. Но первая гипотеза надёжнее, так как прямо связывает фамилию с конкретным ремеслом или внешней чертой.

В России фамилия Шпратов могла появиться в среде обрусевших немцев — колонистов, которых приглашали при Екатерине II, или среди остзейских дворян и горожан. В XIX веке носители фамилии встречаются в Поволжье, где были немецкие поселения, и на юге Российской империи. В советское время фамилия могла сменить написание: немецкое Sprott превратилось в русское «Шпрот» (через «ш»), а затем обрусело с помощью типичного окончания.

Примечательно, что фамилия Шпратов почти не встречается в центральных русских губерниях — это маркер её иноязычного происхождения. В отличие от фамилий на -их/-ых, которые часто возникали в северных и сибирских говорах, Шпратов — продукт искусственного «окончательного» закрепления прозвища в паспортную эпоху. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были либо потомками немецких колонистов, либо людьми, получившими прозвище за связь с рыбной торговлей или за низкий рост.