Фамилия Шаратов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ов может скрываться неочевидная основа. Сразу бросается в глаза, что корень фамилии не типично славянский: в русском языке нет слова «шарат» в значении предмета или действия. Поэтому первая и самая вероятная версия — тюркское происхождение.

В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, существует имя Шараф (или Шарафетдин), которое восходит к арабскому «шараф» — «честь», «достоинство», «слава». В разговорной речи и при адаптации в русской среде конечный звук «ф» часто оглушался или заменялся на «т» (как в фамилиях Шарафутдинов — Шаратов). Таким образом, Шаратов — это русифицированная форма отчества от тюркского имени Шарат (усечённый вариант Шарафа). Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Шарата».

Менее распространённая, но тоже имеющая основания версия — связь с географическим названием. В Поволжье и на Урале встречаются топонимы Шаратовка или Шаратово (например, в Башкортостане). В таком случае фамилия могла образоваться от прозвища человека, приехавшего из этих мест: «Шаратовский» со временем сократилось до «Шаратов».

Важно отметить, что фамилия Шаратов не имеет никакого отношения к городу Саратов, несмотря на внешнее сходство. Саратов происходит от тюркского «сары тау» — «жёлтая гора», и это совсем другая словообразовательная модель. Фамилия Шаратов — более редкая и локальная, её основные очаги — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области, то есть регионы с давним тюркским населением. В дворянских родословных книгах она не встречается: это фамилия крестьянского и мещанского сословия, что типично для поздних (XVIII-XIX века) отчеств от иноязычных имён.